Mohammadi deltog i begravningen av människorättsadvokaten Khosrow Alikordi när hon talade till församlingen med ett budskap om fred, enighet och nationell solidaritet, enligt rapporter. Civilklädda agenter omringade henne och andra kvinnliga försvarare och slog dem upprepade gånger med träpinnar och batonger över huvudet och mellan benen, vilket orsakade blåmärken i underlivet och möjligen bröt bäckenbenet, enligt rapporter. Under överfallet hotade agenterna Mohammadi och sade att de skulle få hennes mamma att sitta i sorg efter henne och att det var den sista dagen i hennes liv, enligt rapporter.
En agent sade till Mohammadi att eftersom de trodde att hon hade stuckit en dolk i hjärtat på Islamiska republiken, skulle de sticka en dolk tillbaka i hennes hjärta, enligt verifierad information. Hon drogs längs marken i håret med sådan kraft att delar av hårbotten slets bort, vilket lämnade synliga kala fläckar och öppna sår, enligt rapporter. Inne i transportfordonet bröt agenter näsan på en annan kvinna, enligt rapporter.
Den 7 februari 2026 meddelade Mohammadis advokat att hon fördes till avdelning 1 vid Mashhads revolutionsdomstol trots hennes invändningar. I protest mot rättsprocessen vägrade Mohammadi att lämna in ett försvar. Hon dömdes till sex års fängelse för sammankomst och samverkan mot nationell säkerhet och 18 månader för propaganda mot staten.
Domaren ålade även tilläggsstraff inklusive två års intern exil till Khosf, Sydkhorasan-provinsen, och ett tvåårigt ytterligare reseförbud. Mohammadi avtjänar för närvarande flera fängelsestraff i ett högsäkerhetsfängelse i Mashhad och riskerar mer än 17 års fängelse sedan 2021. Hon har gripits 13 gånger under sin livstid och dömts till totalt 31 års fängelse och 154 piskrapp, enligt hennes stiftelse.
Hennes hälsa hade försämrats i fängelset, delvis på grund av att hon misshandlades svårt under gripandet, enligt hennes familj. Mohammadis bror Hamidreza fruktar att hon dör. Han sade att hans syster hade hittats medvetslös av medfångar i Zanjan-fängelset efter att ha drabbats av en misstänkt hjärtattack.
Fängelsetjänstemän vägrade att överföra henne till sjukhus trots hennes historia av hjärt-, lung- och blodtrycksproblem. Hamidreza Mohammadi beskrev att hon lider av lågt blodtryck och har haft en hjärtattack, och att hennes tidigare tillstånd, inklusive lungemboli och att ha genomgått stentning och angiografi, gjorde att behandling av läkare i Zanjan var i praktiken omöjlig. Narges Mohammadi-stiftelsen sade att hon hade förts till ett sjukhus i Zanjan-provinsen efter en katastrofal försämring av hennes hälsa, efter 140 dagars godtyckligt frihetsberövande och ihållande nekande av specialiserad sjukvård.
Hamidreza Mohammadi sade att hon borde överföras till ett sjukhus i Teheran så att hennes egna specialister kan ta över hennes vård. En angiografi visade att två av hennes huvudartärer har betydande blockering, enligt hennes stiftelse, och hennes kärlsjukdom har försämrats avsevärt sedan hennes senaste angiografi 2024. Mohammadi fördes akut från fängelset till ett sjukhus i nordvästra Iran den 1 maj efter att hon förlorat medvetandet, och släpptes mot borgen nästan 10 dagar senare och överfördes till ett sjukhus i Teheran, enligt rapporter.
Hennes blodtryck fortsätter att fluktuera, delvis på grund av skador på den del av hjärnan som ansvarar för sådan reglering, enligt den behandlande läkaren. Läkare rekommenderade en åtta månader lång behandlingskur i en miljö fri från yttre stressfaktorer med permanent vård och långtidsbehandling, enligt rapporter. Jorgen Watne Frydnes, ordförande för Nobelkommittén för fred, sade att hennes liv var i fara, enligt BBC.
Hamidreza Mohammadi sade att han inte tvivlar på att regimen har bestämt sig för att bara göra sig av med människor som Narges och andra aktivister. Iranska myndigheter har inte offentligt svarat på anklagelserna. Hamidreza Mohammadi sade att han trodde att kriget i Iran hade avlett uppmärksamheten från fångarnas situation, och att det internationella samfundet verkade ovilligt att prata om det verkliga problemet, och tillade att det verkar som om olja nu är viktigare än frihet.
Hennes stiftelse och dussintals Nobelpristagare har krävt hennes villkorslösa frigivning. Styrkommittén för Free Narges Coalition sade i ett pressmeddelande att informationen från verifierade källor om Mohammadis och andra politiska fångars tillstånd är djupt oroande, och att regeringen fördubblar sin farligt hårda behandling av sitt växande antal politiska fångar efter de rikstäckande demonstrationerna och massakern på demonstranter. Koalitionen tillade att Mohammadi och alla samvetsfångar måste friges omedelbart och få tillgång till sin valda advokat, regelbunden kontakt med familjen och sjukvård.