Stölden inträffade den 18 mars 1990, då två män utklädda till poliser gick in på museet och övertalade en vakt att släppa in dem. De satte handfängsel på vakterna i källaren och stal mästerverk som Vermeers 'The Concert' och Rembrandts 'Christ in the Storm on the Sea of Galilee', tillsammans med en napoleonsk örnprydnad och museets säkerhetsvideoband.
År 2013 sade FBI att man visste vem som låg bakom, men vägrade att namnge dem. Den tidigare FBI-agenten Geoff Kelly, som ledde utredningen i över två decennier, har skrivit en bok där han identifierar de män han tror var inblandade. Vissa tips pekade på IRA och Boston-maffian, inklusive Whitey Bulger. Kelly följde ett spår till Frankrike där FBI-agenter utgav sig för att vara rika mellanhänder, och en trippelmördare känd som 'Meatball' spelade i hemlighet in samtal med misstänkta medbrottslingar.
Museet har utlyst en belöning på 10 miljoner dollar för information som leder till återlämnandet av konstverken. Tomma förgyllda ramar av de saknade målningarna hänger fortfarande kvar på museet, eftersom Isabella Stewart Gardner i sitt testamente stadgade att ingenting på museet skulle ändras efter hennes död.