Enligt Jönköpings kommun hämtar bussen elever vid deras skola och tar dem till olika naturområden under en heldag, från cirka 8:30 till eftermiddagen. Olika områden används för att minska miljöpåverkan. Alla kommunala skolor kan delta, men det är oklart om friskolor också har tillgång. Kommunen uppger att lärare bestämmer teman i förväg, med vanliga ämnen som skog, vatten och myrekosystem, medan vissa klasser utforskar specifika ämnen som fåglar eller biologisk mångfald.
Enligt Jönköpings kommun innefattar aktiviteterna praktiskt arbete som att håva i vatten och undersöka arter. Ulrika Franke säger att när eleverna får prova själva vill fler delta tills hela gruppen är igång. Hon noterar att tidigt på dagen blir många elever mer avslappnade och lekfulla. Franke säger att för dem som inte är vana vid naturen kan upplevelsen vara deras första nära möte med sådana miljöer. Kommunen uppger att lärare ofta upptäcker nya sidor hos elever i denna utomhusmiljö. Antalet personal som driver Ekobussen är inte offentligt känt.