Mortimer genomgick en trippel hjärtbypassoperation 2015 efter att läkare upptäckt att 95% av hans artärer var blockerade. Enligt Daily Express - Showbiz beskrev Mortimer att han upplevde en nära-döden-vision under ingreppet och sa att han såg ett ljus och kände sig lyckligare än någonsin tidigare. Han sa att upplevelsen lämnade honom utan rädsla för döden.
År 2024 diagnostiserades Mortimer med bältros, vilket fick honom att förlora muskelmassa i benen och krävde att han använde rullstol under en del av året. Enligt Daily Express - Showbiz beskrev han bältrossjukdomen som det värsta hälsåret i hans liv och uppgav att det var värre än hans hjärtoperationsperiod. Hans konsult har antytt att han är på väg mot 80% muskelåterhämtning i benet, men den exakta prognosen och tidsramen är fortfarande oklar.
Paul Whitehouse hjälpte Mortimer att återhämta sig efter hans hjärtoperation genom att få ut honom ur huset för att fiska. Enligt Daily Express - Showbiz beskrev Mortimer att Whitehouse tjatade på honom tills han gick med på att fiska, vilket var hans första utflykt efter operationen. Deras fiskeprogram, Mortimer and Whitehouse: Gone Fishing, hade premiär på BBC Two 2018 och har förnyats varje år sedan dess.
Mortimer är 66 år gammal. Den nuvarande statusen för hans reumatoid artrit och de specifika turnédatum med Vic Reeves som ställdes in på grund av hans hjärtillstånd har inte bekräftats.