Under vintern har Mälartåg till och från Knivsta vid flera tillfällen varit så fulla att passagerare har fått vänta på nästa avgång. Denna situation har fått Knivsta kommun att agera och framföra kritik mot de brister som pendlare upplever. Kritiken har presenterats för tågoperatören, och en dialog om möjliga åtgärder pågår.
Punktligheten är god från Uppsala till Knivsta eftersom tågen precis har avgått och störningar inte hunnit uppstå. I motsatt riktning mot Uppsala är punktligheten sämre eftersom tågen ofta har rest långt och påverkas av störningar längs vägen, särskilt på enkelspårssträckor. Den totala punktligheten mellan december 2024 och april i år är 94,6 procent från Uppsala till Knivsta och 86,1 procent mot Uppsala.
För tåg som startar i Stockholm är punktligheten något bättre på 90,9 procent. Den tuffa vintern har lett till att många tåg behövt tas ur trafik för underhåll, vilket minskat kapaciteten. Detta har i sin tur inneburit att vissa avgångar körts med kortare tåg, vilket skapat trängsel under rusningstid.
Mälartåg tog över Stockholm-Uppsala-sträckan från och med december 2024. Nya tåg har beställts men förväntas levereras först 2028. Mälardalstrafik har intensifierat insatser och kan redan se en förbättring både i punktlighet och fler längre tåg på sträckan.